Op grond van de Wet natuurbescherming zijn de meeste inheemse zoogdieren en alle inheemse vogels beschermd. Dit heeft onder andere tot gevolg dat hun nesten en holen niet mogen worden verstoord en dat ze niet mogen worden gedood. Ook voor exoten en verwilderde dieren geldt een (lichter) beschermingsregime.
Ter voorkoming van schade aan o.a. de landbouw, de verkeers- en vliegveiligheid, volksgezondheid en flora en fauna worden er uitzonderingen gemaakt op deze bescherming.
De belangrijkste taak van de Faunabeheereenheid is het beheer van populaties dieren en het voorkomen of beperken van schade die wilde dieren aanrichten aan onder andere de volksgezondheid en openbare veiligheid, de vliegveiligheid, de landbouw en aan flora en fauna.
De noodzaak voor het beheer moet in een faunabeheerplan worden omschreven. In het plan staan ook de maatregelen die zullen worden uitgevoerd.
Ontheffingen en Vrijstellingen